Akatsuki ("Dämmerung") ist eine weltweit bekannte Verbrecherorganisation, bestehend aus Nukenin der Bingobuch-Stufe S, deren Ziel die Weltherrschaft darstellt. Die Mitglieder Akatsukis sind gefahndete Verbrecher, wobei die meisten über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügen. Sie sind weltweit als S-Rang Verbrecher klassifiziert und verfügen teilweise schon vor ihrem Beitritt über einen schlechten Ruf. Akatsuki ist eine multikulturelle Organisation, da sich der Herkunftsort bei den meisten Mitgliedern unterscheidet.

Akatsuki wurde während des Dritten Ninjaweltkrieges von Yahiko in Amegakure gegründet mit dem Ziel, den Krieg zu beenden. Dazu versammelte er zusammen mit Nagato und Konan weitere Ninja aus Amegakure. Yahiko sagte außerdem, dass Akatsuki nur eine Unterstützung für Nagato bei dessen Aufgabe sei, der Welt Frieden zu bringen. Im Kampf mit Konan meint Tobi desweiteren, dass er Yahiko dazu gebracht habe, Akatsuki zu gründen und er daher der eigentliche Anführer ist. Ferner soll laut dem Raikage ein Gerüchte die Runde machen, dass die Gründung Akatsukis in Kirigakure stattgefunden hat. Dieses Gerücht wird allerdings später widerlegt.
Akatsuki wuchs stetig heran und bald erreichten ihre Taten auch die Ohren des damaligen Anführers von Amegakure, dem legendären Hanzō. Von Akatsuki in seiner Position bedroht schlug er ihnen vor, ein Bündnis einzugehen und so die drei Großmächte Konoha, Iwa und Suna zu einem Friedensvertrag zu bringen. Dies war jedoch nur eine Falle Hanzōs und in Zusammenarbeit mit Danzō Shimura schaffte er es, Yahikos Tod herbeizuführen. Nagato rächte den Tod seines Freundes, indem er Gedō Mazō beschwörte und sich mit dieser verband, um daraufhin Hanzōs Untergebene zu töten. Hanzō selbst konnte jedoch wie auch Danzō fliehen und Nagato, von Gedō Mazō und den Angriffen Hanzōs gebrandmarkt, übernahm die Kontrolle über Akatsuki.
Daraufhin begann er einen Bürgerkrieg in Amegakure, in dessen Verlauf er Hanzō und alle, die ihm nahestanden, tötete. So erlangte Nagato, der zu dem Zeitpunkt schon als Pain agierte, auch die Kontrolle über Amegakure und begann von dort aus, Akatsuki auf die restlichen Nationen auszuweiten und sie zu der Organisation zu machen, als die sie heute bekannt ist.

Das Ziel der Organisation ist letztendlich die Weltherrschaft. Diese versuchen sie zu erreichen, indem sie die Bijū einfangen und sie mittels Fūinjutsu: Genryū Kyū Fūjin aus ihrem Jinchūriki extrahieren. Dadurch stirbt der Jinchūriki, das Bijū respektive das überdurchschnittlich starke Chakra wird während dem Extraktionsprozess in einer Statue versiegelt.

Da es keine Kriege in der letzten Zeit gegeben hatte, können es sich die Ninjadörfer nicht leisten, so wenig Geld zu verlangen. Daher heuern die kleineren Dörfer Akatsuki statt teure Ninjadörfern an. Durch die Bijū kann Akatsuki jederzeit Kriege beginnen und sofort wieder beenden, um dadurch ihren guten Ruf noch zu verstärken und jedes Land von ihnen abhängig zu machen. Da die Ninjadörfer nun keine Arbeit mehr hätten, würden sie an mangelndem Kapital zugrunde gehen.
Obwohl dieser Plan so weitreichend und schwerwiegend ist, wissen nicht alle Mitglieder beim Eintritt in die Organisation davon; Hidan zum Beispiel wurde es erst erzählt, nachdem er einige Zeit Mitglied war. Ob dies die wahren Absichten der Organisation sind, ist nicht bekannt. Es ist allerdings naheliegend, dass sie mit Hilfe dieses Chakras, aus dem eine sehr große Kampfkraft resultiert und der damit zusammenhängenden Zerstörungskraft, versuchen würden, die Menschheit zu unterwerfen.

Die Anführer Akatsukis, Pain bzw. Nagato sowie Tobi, verfolgen jedoch beide unterschiedliche Prozesse, die im Endeffekt zu ein und demselben Ziel führen: Beide sind auf der Suche nach Gerechtigkeit. Nagato will diese mit Hilfe einer Waffe umsetzen, die aus dem Chakra aller neun Bijū hergestellt wird.
Dadurch erstrebt er, im Gegensatz zu Tobi, nicht die Alleinherrschaft über die Menschheit sondern lediglich Frieden auf Erden. Tobi hat ähnliche Absichten, will sich die Menschheit aber mittels Mugen Tsukuyomi untertan machen, um so Frieden zu produzieren.

Das Kennzeichen der Mitglieder von Akatsuki ist in erster Linie die einheitliche Kleidung: Alle tragen einen langen, schwarzen Mantel mit roten Wolken und roter Innenseite, welcher einen kinnhohen Kragen hat. Manchmal tragen sie einen kegelförmigen Hut, an dem zwei Glöckchen befestigt sind. Diese Mäntel ändern sich im Laufe der Geschichte.
Die meisten Mitglieder tragen ausserdem das Stirnband ihres Heimatorts. Als symbolisches Zeichen ihrer Abtrünnigkeit durchstreichen sie allerdings das Zeichen. Ferner drückt diese Tat aus, dass der Ninja der Loyalität zu seinem Heimatsort entsagt. Nicht alle Mitglieder tragen aber ein sichtbares Stirnband. Weitere Merkmale sind Nagellack in verschiedenen Farben auf Finger- und Zehennägeln.

Die Mitglieder von Akatsuki sind immer in Zweierteams unterwegs. Dabei gleichen sich ihre Fähigkeiten oft ab, um eine möglichst hohe Kampfkraft darbieten zu können. Beispiel dafür sind Hidan und Kakuzu, wobei Hidan unsterblich ist und Kakuzu einen Hang dazu hat, seine Partner umzubringen. Ebenso ist Kakuzu in der Lage, verlorene Körperteile wieder anzunähen, womit er ebenfalls eine gute Unterstützung für Hidan bildet.
Die Teams durchstreifen die Regionen und suchen nach den Bijū bzw. ihren Jinchūriki. Dabei herrscht in den wenigsten Fällen Teamarbeit, in manchen Fällen sogar Rivalität oder eine Hierarchie. Das einzige Akatsuki-Mitglied, dem kein Partner zugeteilt ist, ist Zetsu. Da dieser ein Spion ist, also nicht den Auftrag hat, die Bijū anzuschaffen und zwei charakterlich unterschiedliche Körperhälften hat, erscheint diese Tatsache auch logisch.

Die Hauptmitglieder verfügen, je nach Fähigkeiten, noch über Spione, Diener oder Sklaven, die für sie arbeiten. Beispiel dafür ist Sasori, der wohl am meisten Spione hat. Er manipulierte Yūra, um ihn zu Gunsten Akatsukis einzusetzen. Ebenso war Kabuto ursprünglich ein Spion von Sasori. Falls ein Mitglied stirbt, wird ein neues ausgewählt, wenn potentielle Kandidaten vorhanden sind. Ist dies nicht der Fall, bleibt die Position einfach unbesetzt. Manchmal werden auch Mitglieder vom Anführer entsandt, die einen Nukenin überreden sollen, Akatsuki beizutreten.