Früher, vor allem im Wasser-Reich, fanden viele Bürgerkriege statt. Diejenigen mit einem Kekkei Genkai wurden sehr häufig eingesetzt, um die Kriege zu beenden. Auf Grund ihrer besonderen Fähigkeiten war das für sie auch kein Problem, jedoch wurden sie bald von den anderen Menschen als eine Art Unheil angesehen, da es hieß, sie würden immer nur den Krieg bringen. Auch bekamen die meisten Menschen Angst vor denen mit einem Kekkei Genkai. Da ihre Fähigkeiten im Vergleich zu denen eines normalen Menschen abnormal waren, wurden sie oft für Monster gehalten. Aus diesen Gründen wurden sehr häufig Menschen mit Kekkei Genkais getötet.
Im Laufe der Zeit änderte sich die Einstellung zu Menschen mit einem Kekkei Genkai. Sie wurden vor allem in den großen Shinobi-Dörfern hoch angesehen, da sie auch schwierige Missionen erledigen und das Dorf gut beschützen konnten. Doch auch heute noch werden in vereinzelten Landstrichen Menschen mit Kekkei Genkais aus Angst vor ihnen getötet.