Chakra ist die Kraft in Lebewesen, mit denen sie Jutsu ausführen können. Dementsprechend wichtig ist diese Kraft für Ninja. Trotz der Wichtigkeit von Chakra sind jedoch bisher nicht alle Aspekte aufgedeckt worden.

Chakra wird in der Handlung oftmals als eine Art lebenserhaltende Energie dargestellt, ohne die ein Ninja sterben würde. Die Farbe von normalem Chakra ist im Manga zunächst gelb und im Anime blau. Im weiteren Verlauf der Handlung benutzt Masashi Kishimoto jedoch beide Farben im Manga.
Chakra bildet die Grundlage nahezu aller Jutsu. Um sie zu nutzen, müssen Ninja in der Lage sein, Chakra zu schmieden, eventuell die Natur des Chakras zu ändern und anschließend kontrolliert freizusetzen. Einzig für Taijutsu wird normalerweise keine Freisetzung benötigt, einzig für besondere Techniken müssen auch Taijutsu-Nutzer wie Rock Lee die Beherrschung und Kontrolle des Chakras in ihrem Körper meistern.
Es hat jedoch auch noch viele andere Nutzen. So kann es zum Erklimmen von Bäumen oder dem Laufen an Wänden und auf dem Wasser benutzt werden. Weiterhin können manche Ninja ihrem Chakra eine heilende Natur geben und so Verletzungen behandeln und sogar Menschen wiederbeleben, indem sie ihnen ihr Chakra übertragen.

Eine besonders erwähnenswerte Art und Weise, reines oder elementares Chakra zu benutzen, ist der Vorgang des Chakraflusses. Hierbei lässt ein Shinobi sein Chakra in spezielles, chakraleitendes Metall, meist in Form von Schwertern oder Dolchen fließen. Wenn er vorher noch die Natur seines Chakras verändert, ist dies noch weitaus wirksamer. Während normales Chakra nur dazu genutzt werden kann, die Klingen zu verlängern und das Chakra als eine Art fliegender Schnitt abzufeuern, bringt Windchakra eine erhöhte Schärfe mit sich, die jedoch von Blitzchakra noch übertroffen wird. Außerdem können mit Chakrawaffen die Stränge von Puppenspielern durchtrennt werden, um diese so am Angriff zu hindern. Wie sich Feuer-, Erd- und Wasserchakra auf die Waffen auswirken und ob Mischnaturen ebenso verwendet werden können, ist nicht bekannt.

Chakra wird aus den zwei Arten von Energie gebildet, die in jedem Lebewesen zu finden sind. Zum einen ist dies die körperliche oder physische Energie, zum anderen die psychische, spirituelle Energie. Die körperliche Energie steckt bereits in jedem Ninja. Sie verteilt sich auf alle Zellen im ganzen Körper und kann durch körperliche Tätigkeiten trainiert werden. Die geistige Energie kann nur im Laufe der Zeit und durch Erfahrungen erweitert werden.
Um Chakra zu bilden, konzentriert der Shinobi in seinem Inneren nun diese beiden Energien und presst sie zusammen, wodurch sie verwirbelt werden. Dann kann das Chakra im Inneren des Körpers durch die Keirakukei, den Chakrabahnen, zu den Tenketsu fließen, von denen jeder Mensch 361 Stück besitzt. Durch diese Chakraaustrittspunkte kann es nun abgegeben und für Jutsu verwendet werden. Dieser Prozess zehrt jedoch an der Ausdauer des Nutzers.
Weitere Informationen zur Bildung von Chakra finden sich im Abschnitt In und Yō dieses Artikels.

Chakra ist normalerweise eine recht flüchtige Energie, die schnell verfliegt, jedoch kann der Ninja Einfluss auf sie nehmen, nachdem er gelernt hat, den Chakrafluss im Körper zu regulieren und das Chakra gezielt an die Umwelt abzugeben. Die Effizienz, Reichweite und Durchschlagskraft eines Jutsu hängen stark von der Fähigkeit des Shinobi ab, die Eigenschaften seines Chakras gekonnt zu verändern.
Um dies zu tun, stehen dem Shinobi die Methoden der Seishitsuhenka und Keitaihenka zur Verfügung, die Form- und die Naturveränderung des Chakra. Bei der Ausführung eines regulären Jutsu sind beide Methoden bereits ein integraler Bestandteil der Technik und werden automatisch mitangewendet, die Fokussierung des Chakra findet auch unter Anderem durch die Verwendung der Fingerzeichen statt.
Erst durch Kombination beider Veränderungen und der kontrollierten Abgabe entsteht die sehr große Fülle an unterschiedlichen Jutsu. Allein durch Naturmanipulation wäre die Auswahl um einiges eingeschränkter.

Lässt nun der Shinobi sein Chakra so ausströmen, dass es eine bestimmte Form annimmt und eventuell sogar beibehält, so nennt man diesen Prozess "Keitaihenka". Das Jutsu wiederum erhält somit gewisse besondere Eigenschaften. Das Rasengan zum Beispiel ist eine Technik, die ihre Stärke völlig durch die Gestaltmanipulation, also die Art und Weise, wie das Chakra in seine schnell drehende und sich verwirbelnde, aber dennoch komprimierte Form gebracht wird, erhält.

Darüberhinaus kann der Shinobi sein Chakra auch in seiner Natur verändern, also die grundlegenden Eigenschaften des Chakra beeinflussen. Ihm stehen dazu prinzipiell fünf Naturen zur Verfügung, die "Godai Kihon Seishitsu". Um Chakra eine der Naturen annehmen zu lassen, muss der Shinobi "Seishitsuhenka" anwenden. Diese damit insgesamt fünf Möglichkeiten das Chakra zu ändern, werden "Godai Seishitsuhenka" genannt. Wie der Name schon sagt, ändert er so die Natur seines Chakras. Freigesetztes Naturchakra endet immer mit dem Kanji. Mit diesem Chakra wird ein großer Teil der bekannten Jutsu erschaffen. Jede Natur besitzt besondere Eigenschaften, die sie für bestimmte Anwendungen prädestiniert.

Um die Naturveränderung vollständig zu beherrschen, ist aufgrund der Schwierigkeit normalerweise ein ausgedehntes, langjähriges Training notwendig. Die Trainingsmethode hängt dabei anscheinend von der zu erlernenden Natur ab. Für die Windnatur beispielsweise erfolgt der Lernprozess für Naruto in drei Schritten, in denen er zunächst die grundlegenden Eigenschaften und das Freisetzen des speziellen Chakra lernt, im Anschluss die Menge des manipulierten Chakra erhöht und letztendlich das Chakra in einem Jutsu anwendet.
Affinität

Grundsätzlich hat jeder Shinobi eine Affinität zu einer bestimmten Natur. Wie diese entsteht, ist nicht bekannt, jedoch scheint sie vererbbar zu sein, da es oftmals ganze Clans gibt, deren Mitglieder dieselbe Affinität haben. So hatten zum Beispiel viele Mitglieder des Uchiha-Clans eine Affinität zur Feuernatur. Die Affinität zu einer Natur liegt im Herzen eines Ninja.
Natürlich ist ein Shinobi nicht nur auf seine Affinität beschränkt. So beherrschen Jōnin bei ihrer Ernennung oft schon zwei oder mehr Naturen. Jedoch ist es aufgrund des hohen Zeitaufwandes, den das Erlernen einer einzelnen Natur voraussetzt nahezu unmöglich, alle fünf Naturen zu meistern. Besitzern des Rinnegan ist es aber möglich, die Naturen schneller zu meistern. Kakuzu erlangte alle fünf Naturen, indem er die Herzen anderer Ninja stahl.
Die Affinität eines Shinobi zu einer Natur lässt sich mit speziellem Papier, das auf Chakra je nach Affinität unterschiedlich reagiert, feststellen. Bei Wasser wird es nass, bei Feuer brennt es, bei Erde zerfällt es, bei Blitz zerknittert es und bei Wind reißt das Papier.

Jede Natur ist einer anderen Natur überlegen, zieht aber gleichzeitig gegen eine andere den Kürzeren. Wenn man nun im Bild rechts bei einer Natur gegen den Uhrzeigersinn weiter geht, so steht dort die Natur, gegen welche sie schwach ist. Umgekehrt steht im Uhrzeigersinn die Natur, der sie überlegen ist.
Wenn zwei gleiche Naturen gegeneinander antreten, tritt das Prinzip der "Kompensation" in Kraft. Dieses Prinzip besagt, dass zwei Jutsu mit den gleichen Naturen einander aufheben, wenn sie dieselbe Menge an Chakra verwenden. So konnte Kakashi mit seinem Raikiri das Raiton: Gian von Kakuzu wirkungslos machen. Sollte jedoch eines der Jutsu mehr Chakra verwenden, ist es nicht nur stärker, sondern absorbiert auch das andere Jutsu und fügt dessen Anwender so zusätzlichen Schaden zu.

- Katon : Feuerfreisetzung
- Fuuton : Windfreisetzung
- Suiton : Wasserfreisetzung
- Raiton :  Blitzfreisetzung
- Doton : Erdfreisetzung

Yamato erwähnt während Narutos Rasen Shuriken-Training die Naturen "In" und "Yō". In ist die spirituelle und Yō die physische Energie im Körper eines Menschen, sie sind also keine Chakranaturen im eigentlichen Sinne. In wird im Manga weiß, Yō hingegen schwarz dargestellt. Im Anime ist In blau und Yō rot. Während In die Kraft hat, aus dem Nichts Form zu erschaffen, kann die vitale Kraft von Yō benutzt werden, um Form Leben einzuhauchen. So reagiert Yamatos Mokuton auf Narutos Kyūbi no Koromo und wächst durch dessen vitale Kraft zu einem Baum heran. Laut Yamato sind In und Yō die Basen von Jutsu ohne Naturchakra, zum Beispiel dem Kage Bunshin no Jutsu oder Heil- und Genjutsu. Shikamaru bekräftigt diese Aussage in seinem Kampf mit Tayuya. Er stellt fest, dass ihre Geisterwürmer aus viel spiritueller und nur aus sehr wenig physischer Energie bestehen, weshalb sie diese von Opfern fressen müssen, um nicht einfach zu verschwinden. Außerdem sagt er dass Tayuyas Art, mit solch speziellem Chakra zu kämpfen, seinem Kampfstil ähnelt. Dies legt nahe, dass Shikamarus Jutsu auf der Verwendung von spiritueller Energie basieren. Vermutlich benutzen auch Iryōnin diese Energie für ihre Medizinjutsu, wie beispielsweise Kabuto bei In’yu Shōmetsu und Tsunade bei Infūin: Kai. Eine genauere Zuordnung aller Jutsu zu einer der beiden Energien ist jedoch noch nicht möglich.
Diese einzelne Freisetzung der Energien nennt sich "Inton" ("Yinfreisetzung") und "Yōton" ("Yangfreisetzung"). Indem ein Shinobi beide Energien gleichzeitig freisetzt und ihr Verhältnis stabilisiert, schmiedet er Chakra. Dieser Vorgang wird als "Onmyōton" oder "In’yōton" (陰陽遁, "Yin- und Yangfreisetzung") bezeichnet. Man kann also sagen, dass "Onmyō" bzw. "In’yō" die grundlegende Natur von Chakra ist, bevor Seishitsuhenka angewandt wird und somit theoretisch jeder Ninja diese Natur beherrscht, solange er Chakra schmieden kann. Der Rikudō Sennin hatte die beiden Energien auf einem Level gemeistert, das ihm erlaubte die formgebende Kraft von Inton zu benutzen, um seine Träume Gestalt annehmen zu lassen und ihnen anschließend mit der vitalen Kraft von Yōton Leben einzuhauchen. Diese Fähigkeit, Banbutsu Sōzō genannt, benutzte er, um das Chakra des Jūbi in neun Teile zu spalten und so die Bijū zu erschaffen. Das Jutsu Izanagi basiert auf dieser Fähigkeit.
Auch Nagato beherrschte das Onmyōton. Laut Jiraiya hat das Rinnegan Nagato dabei geholfen, diese Natur zusammen mit den fünf grundlegenden Naturen schon im Alter von zehn Jahren perfekt zu meistern. In den Schriften des Sha wird allerdings gesagt, dass der Besitzer des Rinnegan alle fünf grundlegenden Naturen beherrschen könne, eine sechste Natur wird nicht erwähnt. Ein weiterer Anwender des Inton ist der Nidaime Mizukage. Er kann so starke Genjutsu freisetzen. Dies stimmt mit Yamatos Aussage überein, dass In und Yō unter anderem für Genjutsu benutzt werden. Madara Uchiha erschuf mit In’yōton die als Zetsu bekannten Klone von Hashirama Senju aus dessen Zellmaterial. Auch Obito ist in der Lage, diese Natur zu verwenden.
Letztlich liegen jedoch noch große Teile dieses Sachverhaltes im Dunkeln, weshalb die oben genannten Informationen mit Vorsicht behandelt werden sollten.

Alle Naturen und bisher bestätigten Mischnaturen
Eine Mischnatur, oftmals auch Elementverbindung oder Mischelement genannt, ist eine besondere Art von Chakranatur. Mit diesen Naturen sind Jutsu auf höchstem Niveau möglich. Ob und wo die Mischnaturen in die Reihenfolge der gegenseitigen Überlegen- und Unterlegenheit der fünf Hauptnaturen einzuordnen sind, ist nicht klar.
Es gibt drei verschiedene Arten, durch die Chakra eine Mischnatur annehmen kann. Einige Shinobi besitzen ein Kekkei Genkai, mit dem sie zwei der fünf Grundnaturen zu einer Mischnatur verbinden können. Dies bewerkstelligen sie, indem sie ihr Chakra in der einen Hand die eine Natur und in der anderen Hand die andere Natur geben. Dann mischen sie diese beiden Chakren durch das Formen von Fingerzeichen. Auf diese Art und Weise werden die meisten Mischnaturen gebildet.
Weiterhin kann die Fähigkeit, zwei Naturen zu verbinden, offensichtlich auch durch Bijū auf Jinchūriki übertragen werden. Dies ist bisher einzig bei Rōshi der Fall gewesen. Er erlernte durch das Yonbi die Verwendung von Yōton. Die genaueren Umstände, beispielsweise ob Rōshi wie auch Mei Terumī die Naturen Feuer und Erde beherrschen musste, sind allerdings unklar.
Die dritte Fähigkeit nennt sich Kekkei Tōta und erlaubt den Anwendern, drei Naturen zu vermischen. Die einzigen Anwender sind Ōnoki und Mū, die so Jinton erschaffen können. Weiterhin gibt es einige Naturen, von denen noch unbekannt ist, durch welche dieser Arten sie gebildet werden oder ob sie überhaupt Chakranaturen sind.

Folgende Mischnaturen wurden als solche bestätigt, indem alle Voraussetzungen bekannt gegeben wurden.
Die Holznatur "Ki". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Mokuton ("Holzfreisetzung").
Die Eisnatur "Kōri". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Hyōton ("Eisfreisetzung").
Die Lavanatur "Yōgan". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Yōton ("Lavafreisetzung").
Die Siedenatur "Futtō". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Futton ("Siedefreisetzung").
Die Sturmnatur "Arashi". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Ranton ("Sturmfreisetzung").
Die Staubnatur "Chiri". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Jinton ("Staubfreisetzung").

Im Verlauf der Handlung kam es immer wieder vor, dass Seishitsuhenka genannt wurden, ohne weitere Informationen zu ihnen zu liefern. Bei den folgenden Naturen und Seishitsuhenka ist nicht klar, ob sie überhaupt solche sind und auf welche Art und Weise sie erschaffen werden. Manchmal verbindet sie einzig die Tatsache, dass sie auf das Kanji 騰 ("Ton") enden, mit den anderen Naturen.
Die Flammennatur "Honō". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Enton ("Flammenfreisetzung").
Die Explosionsnatur "Bakuhatsu". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Bakuton ("Explosionsfreisetzung").
Die Hitzenatur "Shakunetsu". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Shakuton ("Hitzefreisetzung").
Die Magnetnatur "Jiryoku". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Jiton ("Magnetfreisetzung")

Die folgenden Naturen und Seishitsuhenka kommen ausschließlich in Filler-Episoden oder den Filmen vor und sind daher für den allgemeinen Maßstab unwichtig. Auch hier ist jedoch nicht klar, ob sie überhaupt Naturen sind und auf welche Art und Weise sie erschaffen werden.
Die Kristallnatur "Kesshō". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Shōton ("Kristallfreisetzung").
Die Finsternisnatur "Meian". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Meiton ("Finsternisfreisetzung").
Die Stahlnatur "Hagane". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Kōton ("Stahlfreisetzung").
Die Beschleunigungsnatur "Jinsoku". Seishitsuhenka mit dieser Natur nennt man Jinton ("Beschleunigungsfreisetzung").

Die wohl bekanntesten Chakren sind die neun Bijū. Sie sind fleischgewordene Chakramassen mit eigenem Bewusstsein, entstanden aus dem Chakra des Jūbi. Ihr Chakra selbst besteht aus negativem, weißen Chakra und positivem, schwarzen Chakra. Damit ist wie auch bei Menschen In und Yō gemeint, weshalb der Anime die Chakren blau und rot darstellt. Wenn ein Ninja das Chakrafleisch eines Bijū isst, stirbt er. Einzig die Kingin Kyōdai überlebten aufgrund ihrer entfernten Verwandtschaft zum Rikudō Sennin, das Fleisch des Kyūbi zu essen. So vermischte sich dessen Chakra mit ihrem eigenen, weshalb sie wie auch Naruto ein Fuchsgewand ausbilden können.
Dieses Gewand, welches auch von allen anderen Jinchūriki gebildet werden kann, besteht ebenfalls aus dem Chakra des jeweiligen Bijū. Wenn ein Jinchūriki vier Schweife oder mehr freisetzt, ändert sich die Farbe des Chakras jedoch von hellrot zu einem weitaus dunkleren Rot. Dies liegt daran, dass die verletzende Wirkung des Chakras die Haut der Person zerstört und das austretende Blut sich mit dem Chakra vermischt. Weiterhin wird dieses Chakra um ein vielfaches dichter und somit schwerer, weshalb es auch "Hochdichtes Chakra" genannt wird. Wenn ein Jinchūriki aber mit dem ihm innewohnenden Bijū befreundet ist, kann er offenbar selbst bestimmen, wie dicht das Chakra ist und welche Farbe es hat. Killer B, dem dies als einziges möglich ist, nennt das dunkelrote Chakragewand auch "Version 2". Eine weitere Besonderheit ist Naruto. Er ist zwar nicht mit dem Kyūbi befreundet, konnte es jedoch besiegen und ihm so das Chakra entziehen, um nun jederzeit darauf zuzugreifen. Tut er dies, bildet sich eine einzigartige Form des Fuchsgewandes, dessen Farbe gelb ist und entfernt an den Rikudō Sennin selbst erinnert. Außerdem hat es wie bereits erwähnt eine vitale Wirkung auf sein Umfeld, da es nur aus dem Yang-Teil des Kyūbichakras besteht.

Chakra, das von Iryōnin benutzt wird, um Verletzungen zu heilen, hat eine grüne Farbe. Wieso dies so ist und wieso es überhaupt eine heilende Wirkung hat, ist nicht bekannt. Jedoch scheint es nicht mit einer Seishitsuhenka zusammenzuhängen. Vielmehr ist es offensichtlich so, dass die Iryōnin ihr Chakra nur aus der physischen Energie ihres Körpers bilden und deren vitale Kraft für ihre Zwecke gebrauchen.

Senchakra ist eine weitere besondere Art von Chakra. Es besteht aus der dritten Energie, die ein Mensch in seinem Körper haben kann, der sogenannten Naturenergie. Diese Energie wird dazu verwendet, die Senjutsu zu beherrschen und in den Eremitenmodus zu wechseln. Jedoch muss dieser sie zunächst aus seinem Umfeld absorbieren und in seinem Körper zusammen mit der geistigen und körperlichen Energie in eine perfekte Balance bilden, um anschließend Chakra zu schmieden. Sollte der Anwender dies nicht schaffen, kann es fatale Folgen für ihn haben.

Über die "Senzoku no Sai" ("Gabe der Eremitenmönche") ist nicht viel bekannt. Dieses Chakra wird von den Mönchen des Hi no Tera benutzt, um Fūin Teppeki anzuwenden.